Το Μαργαρίτι ιδρύθηκε περίπου το 1430 από τους Ενετούς και οι πρώτοι κάτοικοι του ήταν χριστιανοί, ενώ αργότερα αποικίστηκε από αλβανικά φύλα. Μετά την πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας οι κάτοικοι του οικισμού εξισλαμίστηκαν κατά το μεγαλύτερο μέρος. Σε αντάλλαγμα για το γκρέμισμα των καμπαναριών και της κατασκευής μιναρέδων, έγιναν κύριοι (τσιφλικάδες) των εύφορων πεδιάδων. Μετά την παρακμή της Βενετίας (κυρίως με την παρακμή της Οθ. Αυτ. και την προσπάθεια ανεξαρτητοποίησης του Αλή Πασά) οι Μαργαριτιώτες αγάδες, έχουν ως αντίπαλο τον Τουρκαλβανό Πασά των Ιωαννίνων, στον οποίο όμως τελικά υποτάσσονται περίπου το 1811.

Μόλις στις αρχές του 20ου αιώνα το Μαργαρίτι γίνεται ελληνικό και τότε είναι η εποχή που οι αγάδες δέχονται τα πρώτα κτυπήματα περί αναδασμού και περιορισμού των τσιφλικιών από τους νόμου του Βενιζέλου. Εξακολουθούν όμως να αποτελούν την άρχουσα τάξη μέχρι και τον Β’ Παγκόσμιο πόλεμο κατά τον οποίο έχουν φιλοαξονική στάση.

Τόσο από την πληθώρα των μαχαλάδων (Αγορά, Κεντάλι, Σκάλα, Λουγκάς, Τοπόλια, Μπεκιάτες, Ντρίζα, Καλαμίτης) όσο και από τις μεταξύ τους αποστάσεις, συμπεραίνουμε ότι ο οικισμός έχει ξεχωριστό χαρακτήρα και τρόπο δομής από τους υπόλοιπους γνωστούς οικισμούς.